Die hbs setzt seit etwa 18 Jahren das ERP-System MS Dynamics NAV (ehemals Navision) ein. Die Software kommt sowohl in der Berliner Stiftungszentrale zum Einsatz, als auch in den derzeit 35 Auslandbüros im Rahmen der Finanzplanung und des -controlling. Neben diesem klassischen Einsatzgebiet spielt das System derzeit auch in anderen Teilgebieten eine zentrale Rolle. Die Funktionen und Workflows dieser Teilgebiete basieren zum größten Teil auf Eigenentwicklungen und hbs-spezifischen Anpassungen der Software. Bis zum Ende des herstellerseitigen Supportzeitraums Anfang 2027 muss das System erneuert sein. Für die Erneuerung ist ein Einsatz des Nachfolgesystems, Microsoft Business Central (MSBC) in der Cloud-Variante vorgesehen.